Il potere di disapplicazione dell'atto amministrativo da parte del Giudice Ordinario viene esplicitamente previsto dall'art. 5 della L. n. 2248/1865. Definito, in base al precedente art. 2, l'ambito della congizione del Giudice Ordinario (contravvenzioni e diritti civili e politici), gli artt. 4 e 5 stabiliscono i poteri decisori e di cognizione del G.O. nei confronti dell'azione amministrativa. E così, l'art. 4 stabilisce che, nell'ambito della sua cognizione, il G.O. conosce degli effetti degli atti amministrativi ma è privo del potere di modificare o revocare l'atto e il successivo art. 5 conferisce al G.O. il potere di disapplicare, in via incidentale, l'atto amministrativo ove ne riscontri l'illegittimità. La portata dell'art. 4 e quella dell'art. 5 si distinguono in quanto, mentre nell'art. 4 l'atto amministrativo è oggetto di cognizione diretta da parte del G.O., nell'art. 5 l'atto amministrativo è oggetto di cognizione solo in via incidentale in quanto rappresenta uno dei presupposti della decisione. Di conseguenza, secondo parte della dottrina, il potere di disapplicazione dell'atto amministrativo da parte del G.O. sarebbe configurabile solo nel caso in cui l'atto amministrativo sia conosciuto dal Giudice in via incidentale e non quando sia l'oggetto centrale del giudizio. Altra parte della dottrina sostiene, invece, che il potere di disapplicazione dell'atto amministrativo abbia portata generale e quindi sia riferibile sia alle fattispecie riconducibili nell'alveo dell'art. 4 sia a quelle riconducibili nell'alveo dell'art. 5.
Con riferimento all'art. 4, si è posta la questione se il divieto di revoca o modifica dell'atto amministrativo riguardi solo gli atti amministrativi o anche i comportamenti della PA. Si è, al riguardo, concluso nel senso che il divieto di revoca riguarda anche i comportamenti della PA ove siano espressione della potestà amministrativa discrezionale ma non le attività materiali della PA.
Con riferimento al potere di disapplicazione dell'atto amministrativo di cui all'art. 5, invece, le questioni principali che sono state poste sono:
se il G.O. abbia il potere di sindacare l'atto sotto il profilo dell'eccesso di potere e, al riguardo, l'opinione prevalente è per la tesi positiva, stante il generale potere di disapplicazione dell'atto amministrativo illegittimo e l'inesistenza di limiti relativi al vizio d'illegittimità riscontrabile;
se è ammessa solo una disapplicazione dell'atto amministrativo in bonam partem e, cioè, solo allorchè il provvedimento amministrativo abbia effetti sfavorevoli per il destinatario o anche in malam partem, allorchè il provvedimento amministrativo oggetto di disapplicazione sia produttivo di effetti favorevoli sulla sfera giuridica del destinatario.
La tesi seguita dalle SS.UU. della Cassazione è che sia ammissibile solo una disapplicazione dell'atto amministrativo in bonam partem.

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